Grundsätzlich ist es empfehlenswert, vor dem Aufsetzen eines neuen Betriebssystems die Festplatte mehrmals zu formatieren oder noch besser mit einem Tool wie S0Kill zu überschreiben. Dabei wird die Festplatte mit Nullen mitsamt des Master Boot Sektors  überschrieben, so dass sich kein Virus mehr verstecken kann. Nach dem Aufsetzen von beispielsweise einem Windows Betriebssystem ist es sehr angeraten, das entsprechende aktuelle Service Pack auf zu spielen und direkt danach die Windows-Update  Funktion zu benutzen oder alternativ ein Update Pack (von Winboard.org oder Winfuture.de oder anderen Quellen) einzuspielen. Nur ein gepatchtes System ist einigermaßen sicher vor Malwarbefall. Bei Microsoft ist jeden 2. Dienstag im Monat Patch-Day.  Weiterhin sollte ein aktualisierter Virenscanner vorhanden sein mit einer Firewall oder einer separaten Firewall. Unter den Anti-Virus-Software Herstellern sind besonders Kaspersky, G-Data, F-Secure, Panda Anti-Virus oder  auch das bisher kostenlose Microsoft Essentials zu empfehlen. Diese Empfehlungen beziehen sich auf Testergebnisse und können sich mit der Zeit ändern (Stand: 01/2011).  Bei den Anti-Virus-Software Herstellern gibt es auch verschiedene Tools zum Download wie beispielsweise bei Panda Software, die man als Kunde dort im Login Bereich findet: ein Tool zum Virenscan vor dem Bootvorgang oder für alle Nutzer einen kostenlosen  Online-Viren-Scanner. Weiterhin bieten im Falle eines Viren- oder Wurmbefalls die Anti-Viren-Hersteller entsprechende spezialisierte Wurm- oder Viren-Beseitigungstools zur Verfügung.  Außerdem ist es ratsam, mit einem aktuellen Browser zu surfen, und diesen regelmäßig auf die neueste Version zu updaten.

Online-Banking Sicherheit 
Wer Online Banking betreibt, sollte in regelmäßigen Perioden einen Viren- und/oder Malwarescan durchführen. Für Malware empfiehlt es sich, neben dem Virenscanner, der sinnvollerweise eine Vollversion sein sollte, da nur diese erfahrungsgemäß  den notwendigen Schutz bieten, eine (kostenlose oder kostenpflichtige) Version eines Malwarescanners wie beispielsweise Anti-Malware (ehemals A-Squared) von Emsi-Soft oder Anti-Malwarebytes einzusetzen. Diese spüren zusätzlich verdächtige Dateien auf.  Auch ein Anti-Rootkit-Schutz sollte vorhanden sein, beispielsweise Blacklight von F-Secure. Beim Online-Banking empfiehlt es sich das z.B. iTAN Verfahren mit einer BEN (Benutzernummer) zu verwenden. Die BEN kann auf Man-in-the Middle-Attacken aufmerksam  machen. Noch sicherer ist das mTAN-Verfahren (Mobile TAN), welches mit einer zeitlich begrenzten und einmaligen SMS-TAN arbeitet oder das Chip-TAN-Verfahren. HBCI stellte eine weitere, sicherere Lösung dar.  Weiterhin sollte man keine weiteren Tabs oder Fenster im Browser für die Dauer der Online-Banking Session öffnen, um Cross-Site-Scripting Attacken (mit JavaScript z.B.) zu verhindern. Alle unnötigen Anwendungen schließen und sich die Prozesse im  Microsoft Process-Explorer anschauen kann nicht schaden, oder gleich mit Linux arbeiten. URLs der Domain des Finanzinstituts sollten immer händisch eingegeben werden, nie einem Link, auch nicht von e-Mails oder Suchmaschinen folgen um  Phishing Attacken zu vermeiden. Wer grössere Transaktionen vornimmt sollte auch den Sicherheits-Hash-Wert (MD5 oder SHA) den die Banken für ihr Zertifikat im Browser angeben, überprüfen: das Schloss unten rechts im Browser anklicken und den Hash-Wert mit  dem der Bank überprüfen. Den Hash-Wert geben die Banken aktuell bekannt und er sollte vorher abgespeichert werden, an einem sicheren Ort ohne Internet-Verbindung, damit er nicht manipuliert werden kann. Wer ganz sicher gehen will, lässt sich die  Daten über eine unabhängige Dritte Leitung von der Bank übergeben (Handy, SMS oder Telefon). Das Zertifikat mit seinen MD5 oder SHA-Fingerprints (Fingerabdrücke) sollte auf Echtheit überprüft werden: Aussteller, Gültigkeit und Seriennummer.  Alternativ kann die Verwendung des HBCI-Standards empfohlen werden. 

Beseitigung von Malware außerhalb der Windows-Dienste 
Um Malware zu erkennen und beseitigen besteht auch die folgende Möglichkeit:  Grundsätzlich muss für die folgende Vorgehensweise das Programm "A Squared - Anti-Malware" von Emsisoft installiert sein.  Dieser Malwarescanner kann auch in der Freeware Version genutzt werden.  Dann kann ein USB Notfall Stick mit den Komponenten a-squared free und a squared command line scanner erstellt werden. Die USB Notfall Stick Dateien erhält man bei: http://www.emsisoft.de/de/software/stick/.  'Im Unterschied zur lokalen Festplatteninstallation verwendet Anti-Malware Free (A-Squared Free) vom USB-Stick gestartet keinen Windows Dienst, und ist daher auf eine zu Vorige Installation nicht mehr angewiesen'.