Das High Performance File System (HPFS) wurde mit der Version 1.2 von OS/2 eingeführt. HPFS ist ein 32-Bit Filesystem und unterstützt Dateinamen  mit einer maximalen Länge von 255 Zeichen. Eine 16-Bit Vorgängerversion wurde von Microsoft in C entwickelt. Um die Zugriffszeiten zu optimieren wurde die Dateizuordnungstabelle in der Partitionsmitte angelegt. Damit es nicht zu Fragmentierungen kommt  werden Dateien bei HPFS zusammenhängend angeordnet. HPFS unterstützt erweiterte Attribute. Dadurch kann der HPFS-Datei Metainformationen angehängt werden (bis zu 64 KB) bei unverändertem Zustand der Nutzdaten.  Dateiendungen wie in Windows sind dadurch nicht mehr notwendig, da das Betriebssystem in den Metainformationen erkennen kann, mit welcher Anwendung die Datei zu öffnen ist.  HPFS wurde durch HPFS 386 (IBM386FS) von IBM für LAN Server erweitert. HPFS ist eine 32-Bit Version und wurde in Assembler entwickelt.  HPFS 386 weist eine hohe Performance und erweiterte Sicherheitsfunktionen auf. HPFS 386 ist unter OS/2 nur bedingt lauffähig.