S-ATA II (Serial Advanced Technology Attachment II) verfügt gegenüber S-ATA noch über Native Command Queuing (NCQ), abgestuftes Beschleunigen, Signalwiederaufnahme, eine höhere Datentransferrate von 300 MB/s und die Möglichkeit des  Hot-Plug. Hot-Plug bedeutet, dass man den Datenträger im laufenden Betrieb austauschen kann. NCQ ("Befehlsschlange") bedeutet, dass mehrere Anfragen gleichzeitig an eine Festplatte abgesetzt werden können.                                                       

NCQ (Native Command Queuing, Befehlsschlange). Mit NCQ können mehrere Anfragen gleichzeitig an eine Festplatte abgesetzt werden. Die Festplatte entscheidet selbständig, welche Anfrage zuerst abgearbeitet wird.  Dadurch erhöht sich die Geschwindigkeit, mit der Anfragen durch eine Festplatte abgearbeitet werden, da Kopfbewegungen eingespart werden können. Command Queuing muss dabei vom Festplattenlaufwerk, dem Controller und dem Treiber unterstützt werden.  NCQ wurde 2003 von Seagate für S-ATA-II Festplatten eingeführt. Es ist dem Tagged Command Queuing (TCQ) ähnlich. TCQ ermöglicht es S-ATA-Laufwerken, Anfragen in unterschiedlicher Reihenfolge des Eingangs abzuarbeiten. Dadurch werden Bewegungen des  Schreib-/Lesekopfes minimiert. Jede Anfrage wird mit einem Tag versehen. Der CPU wird so mitgeteilt, dass die Daten nicht in der Reihenfolge zur Verfügung gestellt werden, wie sie angefordert wurden. Die ursprüngliche Reihenfolge der Anfragen kann somit  im wesentlich schnelleren RAM wiederhergestellt werden.