Die Systempartition ist die Partition, auf der alle Dateien gespeichert sind, die für das erste Laden von x86-basierenden Betriebssystemen benötigt werden.  Bei Windows 2000 sind das: Ntldr, Ntdetect.com, Boot.ini und OSLOADER im Stammverzeichnis (Root) der Systempartition (im allgemeinen C:\). 

Wenn die entsprechenden Startdateien nicht vorhanden sind oder die Systempartition nicht aktiv ist, ist es nicht möglich, das Betriebssystem zu starten.  Das Betriebssystem kann bei x86 basierenden Systemen auf einer anderen Partition oder Festplatte installiert werden (z. B. auf der logischen Partition D:) als der Startpartition. Die Systempartition kann, muss aber nicht mit  der Startpartition identisch sein.